リソース

当研究室で提供している研究リソースの一覧です。

GitHub リポジトリ

ゲノム

NCBIの埋め込みAPIを使って、各ゲノムの代表scaffoldを表示しています（読み込みに少し時間がかかる場合があります）。

Cephalotus follicularis: BDDD01000001.1 （NCBI Genome: GCA_001972305.1 / CoGe: 29002 / Publication: Fukushima et al. (2017)）

Nepenthes gracilis: BSYO01000001.1 （NCBI Genome: GCA_033239525.1 / CoGe: 61566 / Publication: Saul et al. (2023)）

内部リソース

kflab

研究室のタスク管理のためのプライベートリポジトリです。ここでは、試薬管理から実験計画の議論、そして研究の進捗報告まで、メンバー間で様々な調整が行われます。新メンバーはGitHubアカウントを作成して、福島に招待を依頼してください。

gfe_pipeline

この内製ツールはもともと、Apptainer/Singularityコンテナを使用して遺伝子族進化(gene family evolution)の解析のために開発しました。現在では、遺伝子族の解析にとどまらず、トランスクリプトームアセンブリー、遺伝子アノテーション、種系統樹推定、SNV分析、シンテニー分析など、多くのバイオインフォマティクスツールを含むよう拡張されています。例えば、Fukushima and Pollock (2020)、Fukushima and Pollock (2023)、Saul et al. (2023)で示したデータの大部分はgfe_pipelineを利用して生成しました。利用にはコマンドライン操作が必要です。アクセスを希望するラボメンバーは福島に申し出てください。