リソース
当研究室で提供している研究リソースの一覧です。
GitHubリポジトリ
ゲノム
| Species | NCBI Genome | CoGe (OrganismView for genome browser) | Publication |
|---|---|---|---|
| Cephalotus follicularis | GCA_001972305.1 | 29002 | Fukushima et al. (2017) |
| Nepenthes gracilis | GCA_033239525.1 | 61566 | Saul et al. (2023) |
内部リソース
kflab
研究室のタスク管理のためのプライベートリポジトリです。ここでは、試薬管理から実験計画の議論、そして研究の進捗報告まで、メンバー間で様々な調整が行われます。新メンバーはGitHubアカウントを作成して、福島に招待を依頼してください。
gfe_pipeline
この内製ツールはもともと、Apptainer/Singularityコンテナを使用して遺伝子族進化(gene family evolution)の解析のために開発しました。現在では、遺伝子族の解析にとどまらず、トランスクリプトームアセンブリー、遺伝子アノテーション、種系統樹推定、SNV分析、シンテニー分析など、多くのバイオインフォマティクスツールを含むよう拡張されています。例えば、Fukushima and Pollock (2020)、Fukushima and Pollock (2023)、Saul et al. (2023)で示したデータの大部分はgfe_pipelineを利用して生成しました。利用にはコマンドライン操作が必要です。アクセスを希望するラボメンバーは福島に申し出てください。