リソース
国立遺伝学研究所 植物進化研究室で提供している研究リソースの一覧です。
GitHub リポジトリ
kfuku52/genegalleon Charting evolutionary histories across genes and species
kfuku52/csubst Analyzing combinations of codon substitution histories
kfuku52/amalgkit RNA-seq data amalgamation for a large-scale evolutionary transcriptomics
kfuku52/msspack Build DDBJ MSS submission files from FASTA/GFF inputs
kfuku52/RADTE Divergence time estimation in the complex history of gene family evolution
kfuku52/cdskit Processing protein-coding DNA sequences in frame
kfuku52/nwkit Newick tree processing
kfuku52/averagers Estimating average temperatures from historical daily extremes
kfuku52/github-activity-chart Plot monthly GitHub commit counts as stacked bar charts by repository
kfuku52/kftools Miscellaneous Python utilities mainly for evolutionary genomics
kfuku52/rkftools R utilities for handling data in evolutionary biology
kfuku52/kfl1ou An independently maintained fork of l1ou for detecting evolutionary shifts and convergent regimes
mkrg01/genome_assembly_pipeline An integrated pipeline for eukaryotic genome assembly and gene annotation
mkrg01/permucn A tool to test associations between binary trait transitions and gene-family copy-number evolution from CAFE outputs
学名クイズ
- 食虫植物 学名クイズ: iNaturalistの再利用可能な写真を見ながら、食虫植物の学名を4択で当てるクイズです。
ゲノム
NCBIの埋め込みAPIを使って各ゲノムの代表 scaffold を表示できます。
内部リソース
kflab: 研究室のタスク管理のためのプライベートリポジトリです。ここでは、試薬管理から実験計画の議論、そして研究の進捗報告まで、メンバー間で様々な調整が行われます。新メンバーはGitHubアカウントを作成して、福島に招待を依頼してください。