リソース
国立遺伝学研究所 植物進化研究室で提供している研究リソースの一覧です。
GitHub リポジトリ
kfuku52/genegalleon Charting evolutionary histories across genes and species
kfuku52/csubst Analyzing combinations of codon substitution histories
kfuku52/amalgkit RNA-seq data amalgamation for a large-scale evolutionary transcriptomics
kfuku52/msspack Build DDBJ MSS submission files from FASTA/GFF inputs
kfuku52/RADTE Divergence time estimation in the complex history of gene family evolution
kfuku52/cdskit Processing protein-coding DNA sequences in frame
kfuku52/nwkit Newick tree processing
kfuku52/averagers Estimating average temperatures from historical daily extremes
kfuku52/github-activity-chart Plot monthly GitHub commit counts as stacked bar charts by repository
kfuku52/kftools Miscellaneous Python utilities mainly for evolutionary genomics
kfuku52/rkftools R utilities for handling data in evolutionary biology
kfuku52/kfl1ou An independently maintained fork of l1ou for detecting evolutionary shifts and convergent regimes
mkrg01/genome_assembly_pipeline An integrated pipeline for eukaryotic genome assembly and gene annotation
mkrg01/permucn A tool to test associations between binary trait transitions and gene-family copy-number evolution from CAFE outputs
学名クイズ
- 食虫植物 学名クイズ: iNaturalistの再利用可能な写真を見ながら、食虫植物の学名を4択で当てるクイズです。
ゲノム
NCBIの埋め込みAPIを使って各ゲノムの代表 scaffold を表示できます。
内部リソース
kflab: 研究室のタスク管理のためのプライベートリポジトリです。ここでは、試薬管理から実験計画の議論、そして研究の進捗報告まで、メンバー間で様々な調整が行われます。新メンバーはGitHubアカウントを作成して、福島に招待を依頼してください。
関連ウェブサイト
遺伝研バドミントン部
福島が顧問として管理している遺伝研バドミントン部のウェブサイトです。練習予定、出欠状況、参加方法を掲載しています。